Combinazione strutturale e funzionale del micelio di un fungo con la radice di una pianta. Le m. si distinguono in: m. endotrofiche (fig. A), quando le ife dei vari funghi dal terreno, dove vivono da saprofiti, invadono le parti giovani delle radici spingendosi in profondità nelle cellule della corteccia; m. ectotrofiche (fig. B), quando le ife rimangono in superficie e sviluppano attorno alla radice una specie di feltro che impedisce la formazione dei peli radicali e ne sostituisce la funzione assorbente; m. ectoendotrofiche, quando le ife penetrano anche nello spessore della radice, ma rimangono negli spazi intercellulari. La radice infungata spesso appare modificata anche nell’aspetto macroscopico, e risulta molto allungata o molto raccorciata e coralloide.
Numerosissime piante ricorrono alla simbiosi micorrizica, particolarmente tra le specie legnose, ma se ne trovano esempi anche tra le specie erbacee, persino annue, come il frumento. Molte Ericacee, Gigliacee, Orchidacee ecc. hanno m. endotrofiche, mentre le m. ectotrofiche sono presenti in molte Conifere, Fagacee, Betulacee ecc. Anche i funghi che costituiscono le m. sono tra loro molto diversi: Ficomiceti in molte specie erbacee, Ascomiceti (Tuberacee, Elafomicetacee ecc.) e spesso Basidiomiceti (Boletus, Tricholoma, Russula ecc.) tra le legnose. Il vantaggio derivante dalla m. è reciproco, attraverso la m. le piante superiori assorbono dal terreno l’acqua e le sostanze in essa disciolte (m. ectotrofiche) e sottraggono al fungo parte dell’azoto che esso ha fissato in forme organiche, anche per fissazione diretta dell’azoto molecolare; il fungo, invece, sottrae al simbionte sostanze ternarie; vi sarebbe inoltre un reciproco scambio di sostanze di accrescimento. Lo sviluppo e spesso la germinazione delle Orchidee e di altre piante sono legati alla presenza del fungo micorrizico. La distribuzione di alcune piante superiori si può spiegare anche con la presenza o meno nel terreno di determinati funghi simbionti. Tuttavia in alcuni casi si ha un vero antagonismo tra i due simbionti, ciascuno dei quali sfrutta quanto più può l’altro. Si hanno così disturbi sia locali sia generali nelle piante micorriziche, i quali possono persino condurre a infecondità. Spesso, d’altro canto, il fungo non è soltanto sfruttato, ma addirittura ucciso e digerito dalla pianta ospite (micotrofia) che digerisce le ife del fungo annidate entro le cellule corticali della radice, dove esse si presentano in forma di gomitoli; progredendo lo sviluppo della pianta ospite, tali gomitoli gelatinizzano e alla fine, quando la pianta fiorisce e forma i frutti, scompaiono; un fenomeno pressoché analogo a quello dei rizobi delle Fabacee. Esempi tipici sono le orchidee Neottia, e Corallorrhiza, nonché le Monotrope, tutte piante, queste, prive di clorofilla, che vivono pertanto completamente a spese del fungo.
I termini m. e micorrizico sono applicati anche nei casi in cui il micelio fungino non vive in una radice, bensì in un tallo, come in molte Epatiche (Marcanziacee, Jungermanniacee) o nel gametofito talloso di varie Pteridofite (Licopodi, Psilotali).
Micoclena è lo strato esterno di una m., costituito da ife fungine formanti uno pseudo-parenchima.
Micoflora è il complesso delle specie di funghi che si trovano come m. in simbiosi con le radici che crescono nel terreno, nei termitai o in un dato territorio (rispettivamente micoflora radicicola, dei termitai, del terreno ecc.).