(o Mastigofori) Subphylum di Protozoi, considerato una classe nelle classificazioni meno recenti (v. fig.). Riuniscono forme dai caratteri intermedi tra regno vegetale e animale; è difficile fornire una classificazione soddisfacente, data la difficoltà di una netta separazione tra forme che hanno affinità con le piante (il gruppo dei Fitoflagellati) e quelle prive di clorofilla (gli Zooflagellati).
Talora viventi in colonia, possiedono uno o più prolungamenti mobili, i flagelli, e si riproducono per divisione longitudinale. Sono talora provvisti di clorofilla. Hanno corpo limitato o da una sottile pellicola o da una cuticola spessa di cellulosa o da una membrana in cui possono depositarsi sali minerali, calcarei o silicei. Il nucleo contiene un grosso corpo cromatico al centro (cromocentro), oppure la cromatina vi è diffusa come in un reticolo o in varie condizioni di condensazione. Il numero e la posizione dei flagelli variano: alcune specie hanno un flagello, mentre la gran parte ne possiede due; raramente hanno molti flagelli (Polimastigini). Il movimento dei flagelli varia a seconda della posizione e del numero di essi; nel caso di un flagello unico situato a un estremo del corpo (per lo più l’anteriore) si ha un movimento a spirale, di avvitamento.
I F. si nutrono o per via autotrofa o per via eterotrofa; nel primo caso sono provvisti di plastidi contenenti clorofilla e talora altri pigmenti; quelli eterotrofi introducono organismi o particelle attraverso la pellicola non cellulosica, talora da ogni parte del corpo, talora da un citostoma. I F. parassiti, in genere, non hanno citostoma, e attraverso la superficie assumono sostanze disciolte.
È comune la facoltà di incistidarsi, rivestendosi di una pellicola di cellulosa, la cisti, che permette alla specie di diffondersi e di resistere a condizioni ambientali sfavorevoli, per es. al disseccamento. Molte cisti hanno significato riproduttivo.
I F. si riproducono abitualmente per scissione, cioè per divisione longitudinale del corpo, compreso il flagello che si divide in due. Se gli individui così prodotti continuano a dividersi rimanendo uniti in gruppo, si origina allora una sorta di colonia, come avviene specialmente in molte forme fotosintetiche. In alcuni casi nella colonia si distinguono individui riproduttivi e nutritivi. Quando la scissione si compie previo incistidamento si ha la sporulazione, e ciascuno dei piccolissimi individui derivati dalla divisione multipla dell’individuo incistidatosi è denominato spora. Si riproducono anche sessualmente con l’unione di due comuni individui, fusione dei loro nuclei, previo riassorbimento dei flagelli che vengono poi riformati. È frequente l’alternanza di generazione.
I F. si trovano nei più svariati ambienti, dalle acque dolci e salmastre a quelle del mare; molte specie vivono nel terreno umido, altre da saprofite su sostanze organiche in decomposizione; altre, parassite, come per es. i Tripanosomi, hanno importanza sia nella patologia umana sia in quella veterinaria.
A un protozoo dei Flagellati (Leptomonas davidi) è dovuta la flagellosi, malattia di alcune euforbie, che invade solo i tubi laticiferi di queste piante facendole seccare; è stata riscontrata anche in altre piante provviste di tubi laticiferi, per es., in Araujia.