Phylum comprendente circa 1500 specie, tutte parassite, ripartite nelle classi Myxosporea e Actinosporea. La posizione sistematica di questo phylum è controversa. La determinazione di sequenze di RNA ribosomiale e di altre molecole conservative e il loro confronto con quelle omologhe di altri organismi fanno ritenere che i M. non siano da considerare Protozoi, bensì Metazoi, e che i loro parenti più vicini siano un gruppo di Celenterati, che come i M. presentano fasi parassitarie intracellulari. L’ipotesi dell’appartenenza dei M. ai Metazoi è anche avvalorata dal fatto, noto ormai da tempo, che essi possiedono spore multicellulari. Queste sono dotate di 143 valve, e contengono uno sporoplasma uninucleato o plurinucleato e fino a 6 capsule polari. Ciascuna capsula porta un filamento polare spiralato ed estroflettibile, che ha la funzione di ancorare la spora ai tessuti dell’ospite. La struttura e la funzione del filamento polare separano nettamente i M. dai Microspora, con cui erano precedentemente riuniti nell’unico phylum Cnidosporidi.