Ciascuno dei due o più stati alternativi di un gene che occupano la stessa posizione (locus) su cromosomi omologhi e che controllano variazioni dello stesso carattere. Gli a. di un gene possono codificare prodotti quantitativamente o qualitativamente diversi. Per uno stesso gene gli organismi possono essere omozigoti se i due a. sono geneticamente identici o eterozigoti se i due a. sono diversi.
Si dicono caratteri allelomorfi le forme alternative di un carattere controllato da un gene e dai suoi alleli. Con allelia s’intende la presenza, nel patrimonio genetico ereditario, di coppie di geni allelomorfi. L’allelia multipla è l’esistenza di una serie di tre o più alleli alternativi, più o meno diversi nei loro effetti fenotipici per un particolare gene.