trascrittoma
trascrittoma
Termine, analogo a genoma e proteoma, che indica l’espressione dei geni negli RNA messaggeri (mRNA) di un intero organismo o di un particolare organo, tessuto o cellula a un dato stadio dello sviluppo dell’organismo o sotto particolari condizioni ambientali. Da questo concetto deriva la trascrittomica, una delle branche che si sono evolute dopo i primi sequenziamenti di interi genomi, che mira all’analisi di interi profili d’espressione, cioè a quantificare l’espressione di un gran numero o di tutti i trascritti. Lo strumento per l’analisi del trascrittoma è il microarray, che è costituito da una collezione di microscopiche sonde di DNA attaccate a una superficie solida come vetro, plastica, o chip siliconici in modo da formare una matrice. L’acido nucleico target viene marcato attraverso una tecnica detta di ibridazione inversa. Nel caso in cui si vogliano studiare gli mRNA, questi debbono essere estratti dalle cellule, convertiti in DNA complementare (cDNA, cioè un DNA a doppia elica ricostruito a partire dall’mRNA attraverso un enzima chiamato trascrittasi inversa) e marcati con una sonda fluorescente. Quando si fa avvenire l’ibridazione fra la sonda presente sulla matrice e il cDNA target, quest’ultimo rimarrà legato alla sonda e potrà essere identificato semplicemente rilevando la posizione in cui è rimasto legato. Lo studio del trascrittoma risulta di particolare interesse in quanto da recenti ricerche, effettuate su tipi cellulari non umani ma adattabili alle cellule dell’uomo, si è rilevata l’esistenza, in una cellula, di ca. 180.000 molecole di RNA, derivanti dalla trascrizione di ca. il 60% del DNA, di cui ca. la metà consiste in RNA non codificante, che cioè non serve a produrre proteine e che deriva da zone di DNA finora considerate poco interessanti dal punto di vista funzionale. Si ritiene possibile che tali molecole di RNA possano essere utilizzate nel coordinamento dei geni, nel dirigere la loro attività, la loro accensione e il loro spegnimento e nello svolgere altre funzioni, ancora sconosciute, ma di fondamentale importanza nella vita della cellula.