sequenziamento dei genomi
Antonino Forabosco
Processo attraverso cui si determina l’esatta sequenza di nucleotidi che costituiscono l’intero genoma dei diversi organismi viventi. Si è oggi notevolmente [...] Mycoplasma genitalium nel 1995, nel 2001 è stata la volta del genoma umano e di altri genomi complessi. Il sequenziamento dei genomi prevede l’isolamento del DNA, la sua frammentazione casuale e il clonaggio dei frammenti ottenuti in vettori stabili ...
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Proteoma
Gennaro Marino
I progetti di sequenziamento dei genomi hanno posto le basi per lo studio dei fenomeni biologici con metodologie globali, in genere descritte dal suffisso -omica. Lo studio della [...] 'utilizzo della spettrometria di massa è abbastanza semplice e si basa sull'osservazione che proteine con una diversa sequenza aminoacidica, in seguito all'azione di una proteasi specifica, generano un insieme discreto di peptidi, definiti dalla loro ...
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In biologia, il corredo aploide dei cromosomi di una cellula, con i geni in essa contenuti.
Il Progetto genoma
Nel 1990 negli Stati Uniti è iniziato ufficialmente il progetto di ricerca internazionale [...] , nel 1977, F. Sanger pubblicò il metodo per determinare l’ordine dei nucleotidi del DNA; nello stesso anno fu isolato e sequenziato il primo gene umano. Nel corso dei primi anni 1980 è stato anche messo a punto un metodo di clonazione non selettivo ...
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WGS (Whole-genome shotgun)
Claudia Bertonati
Tecnica sperimentale di sequenziamento dell’intero genoma di un organismo. Il nome shotgun (mitragliatrice) suggerisce la creazione caotica (non controllata) [...] costituito dall’esistenza, in molti genomi, di un elevato numero di ripetizione (le basi nucleotidiche che costituiscono le sequenze di DNA sono ripetute nello stesso ordine). Il processo di assemblaggio dei frammenti è reso quindi difficoltoso dall ...
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Bioinformatica
GGiovanni Paolella e Giuseppe Martini
di Giovanni Paolella e Giuseppe Martini
SOMMARIO: 1. Introduzione. ▭ 2. Acidi nucleici e proteine. ▭ 3. Metodi automatici di sequenziamento. ▭ 4. [...] di DNA. Un insieme di programmi è stato sviluppato da Rodger Staden all'MRC di Cambridge come supporto ai progetti di sequenziamento, ma il package più utilizzato è basato sui programmi Phred/Phrap/Consed, ed è stato messo a punto all'Università di ...
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Con il termine b. dev'essere inteso, nel senso più ampio, qualsiasi processo produttivo che preveda l'utilizzo di agenti biologici, cellule o loro prodotti. Si tratta di una disciplina applicativa, caratterizzata [...] DNA nel cromosoma batterico. Il fago più studiato è il fago lambda che è costituito da 60 geni le cui sequenze sono ormai note. Questi vettori vengono utilizzati quando i frammenti di DNA che s'intendono inserire (clonare) hanno dimensioni superiori ...
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genòmica Branca della genetica che studia la caratterizzazione molecolare e l'espressione di interi genomi di vari organismi, conducendo un'analisi comparativa per stabilire le relazioni evolutive. La [...] g. si è sviluppata in particolare grazie ai progetti di sequenziamento del genoma umano e di altri organismi rappresentativi (batteri, lieviti e Drosophila melanogaster). ...
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Biosfera. Aspetti genomici dell'oceanografia microbica
Edward F. DeLong
David M. Karl
Gli ecosistemi marini sono complessi e dinamici. La conoscenza dei meccanismi della suscettibilità degli ecosistemi [...] . Un ottimo esempio di ciò è stata la coltura di uno dei più comuni batteri oceanici, Pelagibacter ubique. La sequenza genomica di questo onnipresente microrganismo marino ha rivelato la sua natura lineare, e la presenza di una fotofisiologia basata ...
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Biologo e imprenditore statunitense (n. Salt Lake City, Utah, 1946). È stato professore di biochimica nell’università di New York a Buffalo, poi dal 1984 ricercatore ai National Institutes of Health. Nel [...] HGP (Human genome project). Nel 2000 ha annunciato, contemporaneamente all’HGP, di avere completato la prima fase del sequenziamento (circa un terzo del genoma umano). Dopo aver lasciato nel 2002 la Celera Genomics, nel 2006 ha fondato il ...
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Proteomica
GGennaro Marino
di Gennaro Marino
SOMMARIO: 1. Introduzione: a) dalle proteine alla proteomica; b) definizioni. ▭ 2. Metodologie: a) l'elettroforesi bidimensionale (2DE); b) la spettrometria [...] geni ritornano. Con una metafora ardita, si potrebbe definire una proteina come un punto di un iperspazio di cui la sequenza del gene codificante costituisce solo una delle n dimensioni.
Né lo studio dei singoli geni né quello delle singole proteine ...
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sequenza
sequènza (ant. o pop. seguènza) s. f. [dal lat. tardo sequentia, der. di sequens -entis, part. pres. di sequi «seguire»; in alcuni sign., come il 2 e il 3, ricalca il fr. séquence]. – Genericam., séguito, successione, serie di cose,...
sequenziare
v. tr. [der. di sequenza, sull’esempio dell’ingl. (to) sequence] (io sequènzio, ecc.), non com. – Disporre in sequenza, ordinare secondo una sequenza; in partic., in biologia, determinare la sequenza di nucleotidi caratteristica...