Le tensioni tra Slovacchia e Ungheria sono principalmente legate alla numerosa minoranza ungherese in Slovacchia, pari al 10% della popolazione. Sulla base del Trattato del Trianon, dopo la Seconda guerra mondiale i confini dell’Ungheria vennero infatti ridimensionati, e numerosi ungheresi si trovarono fuori dai confini del paese. Oggi la minoranza ungherese in Slovacchia chiede maggiore autonomia e maggiore rappresentazione politica (il partito Most-Hid è slovacco-ungherese e erede del precedente Partito della coalizione ungherese). Recentemente le relazioni tra i due paesi sono state esacerbate dall’approvazione a Budapest, nel maggio 2010, di una legge che concede il diritto alla cittadinanza a tutti gli ungheresi residenti all’estero, seguita da una legge slovacca volta a vietare la doppia cittadinanza e la perdita della cittadinanza slovacca nel caso di acquisto di una seconda cittadinanza.
Inoltre, negli anni Novanta l’Ungheria ha adìto la Corte Internazionale di Giustizia sul caso Gabˇcíkovo-Nagymaros, relativo alla costruzione di dighe e di una centrale idroelettrica sul Danubio.