footprinting

footprinting

Tecnica utilizzata in biologia molecolare (detta anche tecnica delle impronte), che permette di individuare la posizione di una proteina legata a una sequenza di DNA. Le proteine che si legano al DNA (per es., fattori di trascrizione) regolano la trascrizione dei geni; conoscere l’esatta sequenza del punto in cui si lega la proteina fornisce informazioni sui singoli geni. Il frammento di DNA da esaminare, dopo essere stato marcato con nucleotidi radioattivi, viene fatto reagire con la proteina e poi trattato con enzimi (endonucleasi): le sequenze legate alle proteine sono protette dalla frammentazione enzimatica e quindi non vengono tagliate, e rappresentano l’impronta della proteina sul DNA. L’analisi della sequenza nucleotidica di queste impronte fornisce indicazioni sul legame fra il DNA e la proteina.